嘉慶六年，匪徒陳亞本、陳爛屐四相繼于郡境行劫搶掠，百姓不得安寧，秉綬向提督孫全謀請兵往捕，不應；于是率民環呼，又不應；乃領衙役70余人夜搗匪巢，擒獲亞本，余匪逃入羊矢坑。嘉慶七年，惠州大旱，陳爛屐四串通勾結不法役吏趁機搶掠，又適博羅絞犯越獄，總督吉慶倉皇失措，提督擁兵不前，秉綬每每憤懣請兵益力，觸怒吉慶，遂以“失察教匪”被罷官入獄，遣戍軍臺。惠州士民見秉綬無辜謫戍，哭訴于途，懇請奏留，士紳葉廷勛等又為其竭力奔走，吉慶見士民勢眾不可侮，只得許秉綬隨營辦事，免戍軍臺。未幾，吉慶以在粵“措置失當”，被嘉慶帝罷職诇察，自殺身亡。會新督倭什布巡視惠州，士民數千為秉綬鳴冤，倭什布將實情呈報朝廷，奉嘉慶皇帝命，秉綬免罪平反。

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　　嘉慶十年，揚州水災，兩江總督鐵保薦舉秉綬，前往南河、高郵、寶應勘察災情。他駕一小舟，遍歷村莊，不避暑雨，親自查閱賑災帳冊，核發銀米，嚴禁胥役克減，深得民心。旋奉命就任揚州知府。時揚州連年水災，他一如既往，深入民間，“饑咽脫粟飯，渴飲濁流水”，與百姓同甘共苦。下河災民三萬余人逃荒到府城，秉綬勸富商巨室捐輸六萬余金，于寺廟立棚廠，安置饑民，依人口賦米賑錢，又于每邑置粥廠，以食貧黎。有災民鬻耕牛以食，秉綬除設廠施粥救濟外，按牛估值當質以貸，招雇專人牧養，許可來春取贖。越年，風雨順和，農民得牛耕種，獲得好收成，百姓歌功頌德。嘉慶十二年，秉綬調任河庫道，旋又調兩淮鹽運使。任職兩月，父喪，回寧為父治喪。居家八年，見城墻傾圮，出千金倡修。家鄉遇到饑荒，他竭力動員商富平價糶米，并捐義田二百石。倡修廣濟、龍門二橋，籌措錢銀萬兩。

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